(l)河流
全国七大水系中近一半河段污染严重，86％的城市河段水质普遍超标。例如，淮河在评价的2000公里河段中，78.7％的河段不符合饮用水标准，79.7％的河段不符合渔业用水标准，32％的河段不符合灌溉用水标准。近几年来共发生大的污染事故54起，对工农业生产和人民生活造成极大危害，直接经济损失2亿元；江苏邳县污水灌溉农田，造成小麦平均每亩减产40～50公斤，水稻平均每亩减产60～90公斤。1989年春节之际，上游开闸污水下泄，致使淮南、蚌埠两市自来水受到严重污染而不能饮用，100多万市民的饮用水发生危机，老百姓怨声载道。淮河流域许多地区癌症发病率比正常地区高出十几倍到上百倍，一些村庄2/3的人肝肿大。除淮河之外，松辽水系、海河水系、珠江水系的污染也十分严重。据15个省市29条江河不完全统计，2800公里河段渔类基本绝迹，有渔业价值的中小河流50％不符合渔业水质标准，平均每年发生大面积污染死鱼事故约1000起，直接经济损失4亿元。同时由于河口的污染，溯河性鱼虾资源遭到破坏，产量大幅度下降，部分内湾渔场荒废。

(2)湖泊
我国湖泊普遍遭到污染，尤其是重金属污染和富营养化问题十分突出。例如：滇池是昆明最大的饮用水源，供水量占全市供水量的54％，由于昆明市及滇池周围地区大量工业污水和生活污水的排入，致使滇池重金属污染和富营养化十分严重，作为饮用水源已有多项指标不合格，藻类丛生，夏秋季84％的水面被藻类覆盖。昆明市第三水厂1993年被迫停产43天，直接经济损失4000多万元；沿湖不少农村的井水也不能饮用，造成30多万农民饮水困难；由于饮用污染的水，中毒事件时有发生，1987年昆明市肉联厂100多名职工中毒；滇池特产银鱼大幅度减产，1987年产量仅为最高年产量的1/10，鱼群种类减少，名贵鱼种绝迹。
据全国饮用水源调查，全国约7亿人饮用大肠菌群超标水，1.64亿人饮用有机污染严重的水，3500万人饮用硝酸盐超标水。近年来我国伤寒、细菌性痢疾、传染性肝炎、腹泻等疾病屡有发生，都与水污染有关。
我国是一个水资源短缺的国家，特别是北方缺水问题已十分严重，水污染加剧了水资源的短缺，全国500多个城市中有300多个城市缺水，40多个城市经常闹水荒。据统计，全国因缺水造成粮食减产50多亿斤，工业产值损失近千亿元。